W latach 1918–1939 ks. Nowacki był zaangażowany duszpastersko w Warszawie. W nowe środowisko wchodził etapami. Najpierw, dzięki ks. Korniłowiczowi, ks. Nowacki poznał Zofię Grodzińską, działająca w Związku Kobiet Katolickich i zaczął im udzielać lekcji śpiewu gregoriańskiego. Była to pierwsza w Warszawie grupa wykonująca chorał gregoriański. Następnie zaczął działać w Związku Zawodowym Organistów pod wezwaniem św. Cecylii w Warszawie. Założycielami związku było osiemnastu organistów, w tym dwóch księży: Henryk Nowacki i Wacław Gieburowski z Poznania. W latach 1919–1920 wydawał „Przegląd Cecyliański”. Liczył, że przekona do swoich idei dla swoich idei ks. Ignacego Kłopotowskiego, ale nie udało mu się go pozyskać. Przeciwnie – spotkał się z niechęcią.
W 1920 roku Nowacki wraz z rodziną Tyszkiewiczów podróżował do francuskiej miejscowości Parme nad Atlantykiem. Jednym z celów tej wyprawy było dokonanie zakupu czcionek drukarskich, potrzebnych do wydawania drukiem melodii gregoriańskich. W czasie tej podróżny popłynął też na wyspę Wight i spotkał się z benedyktynami francuskimi (wyrzuconymi przez rząd francuski w 1901 roku). Przez jakiś czas przebywał też w miejscowości Quarr Abbey, co skwapliwie wykorzystał na intensywną naukę rytmiki gregoriańskiej, harmonii i estetyki śpiewu.