Do kraju powrócił wiosną 1648 i w tym samym roku został diakonem zboru reformowanego w Wielkiejnocy koło Krakowa. W 1653 został przeniesiony przez synod w Górach do Szczepanowic. Tam zastał go potop szwedzki. W 1659 został konseniorem krakowskim (urzędował w Szczepanowicach). Na skutek posądzenia o inspirowanie planów wychowania w kalwinizmie katolickiego dziecka z rodziny Chrząstowskich w lipcu 1669 sąd kapturowy w Sandomierzu skazał go na karę śmierci i przepadku mienia (pierwszy w Rzeczypospolitej wyrok śmierci na ministra), aczkolwiek wyrok został skasowany rok później. Posądzono go również o kryptoarianizm, za co Trybunał Lubelski skazał go w sierpniu 1670 na ścięcie, konfiskatę majątku, zaś jego dzieła na spalenie. W związku z tym wyrokiem zbiegł jesienią 1670 na Litwę. Tam też w 1671 wydał Rozmowę przyjacielską ministra ewangelickiego z księdzem katolickim, w której dowodził swojej prawowierności oraz nawoływał do zgody między katolikami, reformowanymi i luteranami, ze względu na wspólne podstawowe dogmaty i zasady moralności.
W 1672 wyjechał do Prus, gdzie otrzymał opiekę elektora. Następnie przeniósł się do Gdańska i objął tam urząd polskiego kaznodziei przy kościele Św. Piotra i Pawła. W okresie tym wydał szereg tekstów, m.in.