Największe zbiory dzieł Willmanna znajdują się w kościele pomocniczym św. Józefa w Krzeszowie, Muzeum Narodowym we Wrocławiu, kościele Wniebowzięcia NMP w Henrykowie oraz w Galerii Narodowej w PradzeA. Kozieł, Michael Willmann i jego malarska pracownia, Wrocław 2013, s. 191–513.. Dwadzieścia dziewięć obrazów ołtarzowych pochodzących z kościoła klasztornego w Lubiążu rozproszonych jest obecnie w czternastu kościołach warszawskichWillmann. Opus magnum, red. P. Oszczanowski, Wrocław 2019, s. 106..
W 2008 roku powstał Szlak Sakralnej Sztuki Barokowej im. Michaela Willmanna mający na celu realizację idei „Barok w Służbie Rozwoju Lokalnego”, czyli wykorzystanie dzieł malarzy środkowoeuropejskiego baroku do szeroko rozumianego rozwoju lokalnego.
Na przełomie 2009 i 2010 roku odnaleziono na poddaszu kościoła św. Antoniego we Wrocławiu nieznany obraz Willmanna, który przedstawia franciszkańskiego mnicha Jana Kapistrana, zaś w kwietniu 2010 zidentyfikowano w tym samym kościele obraz Wizję św. Antoniego Padewskiego.
Dzieła Malował głównie obrazy religijne, ale także portrety, sceny mitologiczne i alegoryczne oraz pejzaże ze sztafażem figuralnym i motywami animalistycznymi.