Później tworzył również wyobrażenia alegoryczne stosując ciemną kolorystykę w połączeniu z silnym światłocieniem i wzorując się przy tym na manierze rzymskiego baroku. W Wilanowie stworzył dekorację malarską biblioteki królewskiej. Wykonał dwa tonda (Alegoria Teologii i Alegoria Filozofii), oraz projekty 16 przedstawień uczonych i filozofów. Alegoria Teologii znajduje się w północnej części pomieszczenia. Alegoryczna postać zwraca się w stronę Boskiej Opatrzności, jednocześnie wskazując na księgę, w której zapisano pierwsze słowa Ewangelii według świętego Jana. Drugi plafon, powszechnie nazywany Alegorią Filozofii przedstawia kobiecą postać w brązowo-niebieskiej szacie w otoczeniu przyrządów matematycznych podpierającą głowę na globie ziemskim. Warto zauważyć, że Callot prawdopodobnie nie był odpowiedzialny za program ideowy malowideł, a jedynie za projekty rozwiązań kompozycyjnych. Jego dziełem był prawdopodobnie niezachowany plafon z przedstawieniem Belizariusza- bizantyńskiego dowódcy wojskowego w pałacu Sobieskich w ŻółkwiMuzeum Pałac w Wilanowie, Callot Claude.