W 1963 na AGH habilitował się rozprawą „Problem ruchu frontu krzepnięcia cieczy”, w 1966 będąc w randze podpułkownika zakończył pracę na WAT. Został wówczas docentem w Katedrze Mechaniki kierowanej na Wydziale Mechanicznym Energetyki i Lotnictwa Politechniki Warszawskiej. Od roku akademickiego 1968/1969 katedrę przekształcono w Zakład Mechaniki Instytutu Mechaniki Stosowanej, którym Roman Gutowski kierował w latach 1970 - 1992 Roman Gutowski kierował tym zakładem. Od 1969 do 1973 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Mechaniki Stosowanej i był dziekanem Wydziału Mechanicznego Energetyki i Lotnictwa PW. W 1973 uzyskał tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego, a rok później zwyczajnego. Od 1987 przez trzy lata był prorektorem Politechniki Warszawskiej. Przez wiele lat był związany z Komitetem Mechaniki Polskiej Akademii Nauk, przez wiele lat przewodniczył Sekcji Mechaniki Teoretycznej.