w jej efekcie kościół uzyskał obecny wygląd. 28 lutego 1760 roku spłonął w pożarze, po czym został odbudowany. Do 1807 roku miał status kolegiaty. Parafią zarządzała kapituła składająca się z czterech księży, diakona i subdiakona. W okresie późniejszym obowiązki duszpasterskie i administracyjne były powierzane wyłącznie proboszczowi.
XIX i XX w. Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1810 roku parafia Santa Sofia została zniesiona, a jej teren został następnie włączony do parafii Santi Ermagora i Fortunato (potocznie San Marcuola). Sam kościół został sprzedany żydowskiemu kupcowi, który przekształcił go w magazyn, a jego wyposażenie rozdał. Odkupiony przez Giovanniego Rebelliniego w lipcu 1834 roku został przez niego podarowany parafii San Felice Martire, z zobowiązaniem utrzymywania go zawsze otwartego dla kultu;