W 1409 komtur Ostródy i komtur Brandenburga najechali na księstwo Janusza. W latach 1409–1411 Janusz wziął udział po stronie polskiej w wielkiej wojnie z zakonem krzyżackim. Na terenie władztwa Janusza pod Czerwińskiem zostało wyznaczone miejsce koncentracji zjednoczonych wojsk polsko-litewskich. Stamtąd też książę mazowiecki na czele zorganizowanej przez siebie chorągwi rycerstwa udał się pod Grunwald, gdzie 15 lipca 1410 wziął udział w bitwie. Następnie Janusz uczestniczył w dalszej części kampanii otrzymując od króla w podzięce nadanie zamków krzyżackich w Nidzicy, Ostródzie i Olsztynie. Nabytki te wobec niezdobycia Malborka i podpisania pokoju toruńskiego nie okazały się jednak trwałe. Podpisał pokój toruński 1411Codex epistolaris saeculi decimi quinti. T. 2, 1382-1445, Kraków 1891, s. 42..
Kiedy w 1414 wybuchła kolejna wojna Polski z Krzyżakami, Janusz ponownie zdecydował się poprzeć swojego suwerena wypowiadając wojnę państwu zakonnemu. Tym razem jednak, zapewne z powodu wieku, sam nie wziął udziału w kampanii wysyłając na wojnę syna Bolesława.