Następnie służył jako magazyn paliw i szpital psychiatryczny.
Na fali odwilży, 10 grudnia 1988 kościół został zwrócony i rozpoczęto jego remont. 21 grudnia 1988 odprawiono pierwsze nabożeństwo. Po upadku Związku Sowieckiego parafia została przedzielona białorusko-litewską granicą państwową, co wymusiło zmianę jej granic. W latach 1989–1998 parafię prowadzili księża pallotyni. Następnie wróciła ona pod opiekę duchowieństwa diecezjalnego.
Duszpasterze Proboszczowie: 1674-1675 – ks. Lipnicki 1676-1677 – ks. Goryszewski 1743-1744 – ks. Franciszk Schabikowski 1771-1772 – ks. Antoni Pomorski 1790-1791 – ks. Michał Dłusski 1797-1811 – ks. Wincenty Mikucki 1817-1826 – ks. Justyn Niskowsli 1835-1856 – ks. Kazimierz Kulbacki 1859-1862 – ks. Karol Sobolewski 1862-1863 – ks. K. Łódź 1863-1870 – ks. Karol Sobolewski 1871-1872 – ks. Mojżesz Jusiewicz 1872-1889 – ks. Józef Sienkiewicz 1890-1893 – ks. Leopold Czechowski 1894-1897 – ks. Jan Stęporzycki 1897-1905 – ks. Tadeusz Zahorski 1905-1907 – ks. Jan Jankiewicz 1909-1911 – ks. Medardus Uzumecki 1912 (IV-XII) – ks. Antoni Słabszycki 1912-1921 – ks. Jan Stragas 1924-1925 – ks. Nikodem Kozłowski 1925-1937 – ks. Józef Dubietis 1937-1951 – ks. Dominik Gajlusz 1951-1955 – brak kapłana 1955-1961 – ks.