Niewielka działka była położona przy rogu ulic Przyrynek i Wójtowskiej, którą jeszcze w tym samym roku zakonnicy zamienili na grunty w obecnym miejscu, przy ul. Zakroczymskiej. Jeszcze w 1646 roku wybudowali tam niewielki drewniany kościółek, z dwiema kapliczkami – Najświętszej Maryi Panny i św. Antoniego, a pierwszym przełożonym klasztoru został ksiądz Wincenty Skapita. Generał zakonu Catallani ustanowił w klasztorze w 1648 r. wyższe studia dla młodzieży zakonnej. Dawid Mincer kupiec warszawski podarował klasztorowi plac zwany Żmijewskie z polami ornemi, ciągnącymi się aż do Woli, które król przywilejem z 12 lipca 1647 r od wszelkich służebności i ciężarów uwolnił na wieczne czasyJ. Bartoszewicz Kościoły warszawskie rzymsko-katolickie opisane pod względem historycznym Warszawa, 1855, s.204. Przy świątyni urządzono cmentarz. Kościółek został spalony w czasie potopu szwedzkiego. Po odbudowie w latach 1662–1663 stary kościół ustąpił miejsca kolejnemu, zachowanemu do dziś.