W 1431 r. Żylinę zdobyli i spalili husyci, lecz po okresie upadku miasto się odrodziło. W 1508 r. król Władysław II Jagiellończyk darował Żylinę magnatowi Janowi Podmanickiemu. Kilkanaście lat później po długotrwałych sporach sądowych Żylina przeszła z rąk rodu Podmanickich pod władzę Zápolyów, tracąc status wolnego miasta królewskiego. Miasto toczyło z magnatami długotrwałe spory w obronie swych praw. Dopiero cesarz Maksymilian II Habsburg potwierdził przywileje Żyliny.
thumb|Katedra św. Trójcy w Żylinie Mimo tego Żylina rozwijała się jako ośrodek handlu i rzemiosła. W XV wieku powstało wiele cechów rzemieślniczych. Pod koniec XVII wieku w mieście pracowało około 200 warsztatów, w tym 150 sukienniczych. Z 1542 pochodzi pierwsza wzmianka o miejskim gimnazjum. W 1665 pojawiła się drukarnia. W 1691 r. jezuici założyli tu kolejną szkołę. W tym czasie miasto wzbogaciło się o barokowe klasztory, kościoły i zamek w Budatínie. Rozwoju miasta nie zahamowały również wojny z Turkami. Żylina powołała wówczas własną gwardię, mającą chronić miasto przed ewentualnym tureckim atakiem. Rozkwit miasta zakończył się pod koniec XVII wieku, po wielkim pożarze w 1678 i epidemii w 1679 r. W 1686 r. miasto znów oddano pod władzę magnacką, tym razem rodu Estarházych.