Miejscowe języki austronezyjskie (z wyłączeniem języków migrantów) w przeważającej mierze należą do gałęzi halmahersko-zachodniowonowogwinejskiej bądź oceanicznej (na wschód od Zatoki Cenderawasih).
Pod pojęcie „języków papuaskich” (nieaustronezyjskich) podkłada się te języki lokalne, których nie zaliczono do rodziny austronezyjskiej. W Papui Zachodniej stanowią dużą grupę, a swoim zasięgiem obejmują także inne zakątki wschodniej Indonezji (wyspa Halmahera w archipelagu Moluków oraz wyspy Timor, Alor i Pantar w grupie Małych Wysp Sundajskich). Ich podgrupy są liczne i silnie zróżnicowane; wśród języków papuaskich zachodniej Nowej Gwinei wyróżnia się m.in. następujące rodziny – zachodniopapuaska, transnowogwinejska, języki Równiny Jezior. Do największych języków papuaskich w Indonezji (pod względem liczby użytkowników) należą: dani zachodni (lani), dani Wielkiej Doliny, ekagi (ekari), asmat, ngalik północny. Spośród austronezyjskich języków Papui duże znaczenie ma język biak, który służył niegdyś jako język handlowy. Do języków izolowanych należą m.in.: maybrat, abun, mpur, massep, burmeso, abinomn, dem, elseng, mawes, kosare, afra, molof, sause, marori;