Przez dziesięciolecia Kościół katolicki jako korporacja utrzymywał jurysdykcję, aż do jej zniesienia przez ustawę Juáreza w 1855 roku. W tym czasie plan ayutlański, Konstytucja z 1857 i ustawy reformujące mocno zaznaczyły wagę wartości liberalnych. Antyklerykalizm stanowił centralny składnik wyrażania tożsamości przez meksykańskich liberałów. Poprzez ustawy prezydenta Benito Juáreza, nieruchomości kościelne zostały skonfiskowane, sądy kościelne zostały przekazane władzom cywilnym, a księżom zabroniono publicznego noszenia stroju duchownego.
W 1910 roku rewolucja meksykańska pogłębiła konflikt Kościoła z władzami państwa. Przywódcy kraju obawiali się, że religia powstrzyma postęp i narzucili surowsze przepisy antyklerykalne, taki jak zakaz głoszenia polityki z ambony. Artykuł 3 Konstytucji z 1917 zakazał kościołom uczestniczenia w szkolnictwie podstawowym i średnim. W efekcie wzrastających ucisków, w 1926 roku doszło do krwawego konfliktu zwanym Powstaniem Cristero.
Konflikt między Kościołem a państwem oficjalnie zakończył się wraz z administracją Manuela Ávila Camacho (1940–1946). W latach 40. XX wieku konserwatywne rządy stanowiły wzmocnienie dla pozycji dominującego Kościoła.