Płazy mają w faunie Babiej Góry 7 przedstawicieli. Salamandra plamista spotykana jest w reglu dolnym. Również traszka zwyczajna sięga jedynie do niższych partii regla dolnego. Najwyżej położonym stanowiskiem rozrodu traszki karpackiej jest Marków Stawek (1135 m n.p.m.), natomiast traszka górska dochodzi do wysokości ok. 1460 m n.p.m. (Orawski Duży Stawek). Prawie równie wysoko dochodzi kumak górski, spotykany sporadycznie w Mułowym Stawku (1465 m n.p.m.). Dwa inne gatunki żab, pospolitą żabę trawną i o wiele rzadszą ropuchę szarą spotkamy nawet jeszcze powyżej piętra kosodrzewiny.
Ryby mają w BgPN jedynie dwóch przedstawicieli. Występują one jedynie w potokach – stawki, charakteryzujące się znacznymi wahaniami poziomu wód, a czasem zupełnie wysychające, są bezrybne. Pstrąg potokowy dochodzi lokalnie nawet do wysokości ok. 1100 m n.p.m.Wojterski Teofil: Babia Góra …, s. 110, natomiast głowacz pręgopłetwy sięga zaledwie do ok. 800 m n.p.m., jest więc spotykany jedynie w najniższej, północnej części parku.
Faunę uzupełniają liczne gatunki bezkręgowców, których na terenie BgPN oznaczono ok. 3,5 tys. gatunków. Spośród nich ok. 250 gatunków żyje w wodach Babiej Góry. Najlepiej poznanymi grupami są zwłaszcza chrząszcze (ok.