Dla żołędnicy europejskiej BgPN jest jedynym miejscem występowania w Polsce. Rzadko dostrzegane ssaki owadożerne reprezentowane są przez jeża, ryjówki: górską, aksamitną i malutką, zębiełka białawego i rzęsorka rzeczka. Wykaz dopełniają cztery gatunki nietoperzy: gacek wielkouchy, nocek wąsatek, nocek Natterera i mroczek pozłocisty.
Awifauna BgPN jest stosunkowo dobrze zbadana. W latach 60.-70. XX w. stwierdzano występowanie na Babiej Górze ponad 100 gatunków ptaków, z czego blisko 80 gniazdującychBocheński Zygmunt: Ptaki Babiej Góry [w:] „Acta Zoologica Cracoviensis”, Kraków 1970Wojterski Teofil: Babia Góra …, s. 103. Na początku XXI w. podawanych było 115 - 119 gatunków, w tym ok. 100 gniazdujących.
Kurowate reprezentowane są przez kuropatwę i przepiórkę w najniższych położeniach, przy granicy pól uprawnych i łąk, jarząbka w lasach regla dolnego, głuszca w górnym reglu i najrzadszy z nich, cietrzew, sięgający po piętro kosodrzewiny. Spośród dziennych ptaków drapieżnych spotkamy na terenie BgPN myszołowa zwyczajnego, jastrzębia gołębiarza, krogulca i pustułkę. Sowy reprezentowane są przez puszczyka zwyczajnego, pójdźkę oraz mniej licznie występujące gatunki, jak puchacz, sowa uszata, czy puszczyk uralski.