Analiza filogenetyczna wskazała, że należy on do zróżnicowanej grupy Neoceratopsia, zdefiniowanej przez Paula Sereno jako obejmujący wszystkie taksony bliższe triceratopsowi niż psitakozaurowi, jako jeden z bazalnych przedstawicieli tego kladu. Czyni to rodzaj Aquilops pierwszym odkrytym wczesnokredowym neoceratopsem kontynentu północnoamerykańskiego zachowanym na tyle dobrze, by można było mówić o konkretnym gatunku, i najwcześniejszym przedstawicielem tego kladu w Ameryce Północnej.
Rodzaju Aquilops nie zaliczono do żadnej rodziny. Jako jego bliskich krewnych wskazano rodzaje Auroraceratops i Liaoceratops (aczkolwiek przedstawiony przez autorów kladogram przedstawia rodzaj Aquilops jako grupę siostrzaną kladu tworzonego przez rodzaje Auroraceratops, Yamaceratops i ceratopsy bardziej zaawansowane biologicznie, natomiast rodzaj Liaoceratops stanowi kolejną po rodzaju Aquilops grupę zewnętrzną). Farke et al. zauważają, że oba te taksony żyły w Azji. Rodzi to pewien problem w związku z amerykańskim pochodzeniem rodzaju Aquilops.