Obejmuje ona taksony bliższe leptoceratopsowi niż triceratopsowi.
Celem oceny pozycji Gryphoceratops na drzewie rodowym Ceratopsia kreatorzy rodzaju przeprowadzili analizę filogenetyczną. Jej wyniki obrazuje poniższy kladogram (uproszczono):
Jak widać, najbliższym krewnym Gryphoceratops okazał się opisany w tej samej pracy Unescoceratops, a następnie Zhuchengceratops. Podobny pogląd obrazuje kladogram zaprezentowany w opisie rodzaju Aquilops. Bliskie pokrewieństwo rodzaju z Unescoceratops wspominają też autorzy opisu rodzaju Ferrisaurus.
Rozmieszczenie geograficzne i paleoekologia Skamieniałości znaleziono w kanadyjskiej Albercie, wśród skał ogniwa Deadhorse Coulee formacji Milk River, którą datowano na późny santon w kredzie późnej. Są więc wcześniejsze niż uprzednio znajdywane szczątki leptoceratopsów, takich jak kampańskie pozostałości Leptoceratops, Cerasinops czy Prenoceratops oraz mastrychckie szczątki montanoceratopsa, od najbliższego krewnego Unescoceratops starsze są o 8 milionów lat. Czyni je to najstarszymi szczątkami z grupy leptoceratopsów. Pogląd ten utrzymał się w pracach kolejnych badaczy. Kreatorzy Aquilops wymieniając Gryphoceratops jako najstarszego Leptoceratopsidae Ameryki Północnej, podając czas jego życia jako późny santon, między 84 a 83,6 miliona lat temu (minimum 83,7 wedle innych autorów).