Wskutek aneksji Austrii przez Rzeszą Niemiecką 12 marca 1938 roku rozgrywki w Austrii były organizowane jako część mistrzostw Niemiec. Austriackie kluby walczyli w Gaulidze, a zwycięzca potem uczestniczył w rozgrywkach pucharowych o tytuł mistrza Niemiec. W 1938 roku, pomimo zajętego 7.miejsca z 10, klub został zdegradowany, tak jak liga została po raz pierwszy otwarta dla całej Austrii, a nie tylko klubów z Wiednia. Dlatego 4 kluby z Wiednia musiały ustąpić miejsca klubom prowincjonalnym. W Bezirksklasse Wien A (D2) został niepokonanym mistrzem i potem grał o awans do Gauligi z mistrzem Bezirksklasse Wien B WAC Schwarz-Rot. W rundzie finałowej wygrał 3:2 po 2 remisach i zdobył awans do Gauligi. W 1942 klub świętował swój największy sukces - wicemistrzostwo Austrii.
Następnie po zakończeniu II wojny światowej klub występował na pierwszym poziomie austriackiej piramidy piłki nożnej, zajmując miejsca czwarte, piąte lub szóste. W 1952 nastąpił spad w grze klubu i w kolejnych latach plasował się w dolnej części tabeli, a w 1956 spadł z Staatsliga A. W sezonie 1956/57 zajął drugie miejsce w Staatsliga B i po wygranych barażach 3:1 i 4:3 z mistrzem Arlbergligi Schwarz-Weiß Bregenz wrócił do pierwszej ligi.