na izolowanych wyspach, gdzie z powodu geograficznej izolacji, czyli braku kontaktu ze swoim gatunkiem (paleoendemity), wraz z nowymi warunkami życia przez dostatecznie długi okres wyewoluowały formy zupełnie różne od gatunków nieodizolowanych (neoendemity). Paleoendemity często stanowią niewielki odsetek gatunków na danym terenie, lecz otrzymują więcej uwagi i specjalną ochronę. W większości w literaturze gatunki określane jako endemity są neoendemitami. Stopień oddzielenia się danego taksonu od określonej linii rozwojowej można ustalić z pomocą filogenetyki molekularnej. Pozwala ona również na ustalenie momentu oddzielenia.
Niekiedy określenie obszaru, do którego ograniczony jest zasięg danego taksonu może być niewystarczająco precyzyjne. Przykładowo panda wielka (Ailuropoda melanoleuca) jest endemitem Chin, jednak de facto jej zasięg ograniczony jest tylko do górskich lasów bambusowych w określonym regionie Chin. Endemizm danego taksonu nie jest nieodłącznie związany z niewielkim zasięgiem występowania. Przykładowo zasięg występowania danej grupy ryb może być ograniczony do płyty pacyficznej, natomiast karpieniec diabli (Cyprinodon diabolis) zasiedla pojedynczy zbiornik Devil’s Hole w Dolinie Śmierci.