W 1989 uzyskała stopień doktora habilitowanego nauk przyrodniczych na podstawie rozprawy "Rola wybranych neurotransmiterów w zjawiskach plastyczności w korze wzrokowej kota: zmiany w układach GABA-ergicznym, cholinergicznym i serotoninergicznym pod wpływem deprywacji wzrokowej”. W 1993 została kierownikiem Pracowni Molekularnych Podstaw Plastyczności Mózgu. W 1997 otrzymała tytuł profesora nauk biologicznych. W latach 1992–2003 była Zastępcą Dyrektora Instytutu do spraw naukowych, a w latach 2003-2011 kierowała Zakładem Neurobiologii Molekularnej i Komórkowej Instytutu. Była też kierownikiem Studium Doktoranckiego w Instytucie Nenckiego (2011-2014).
Do osiągnięć Jolanty Skangiel-Kramskiej zaliczyć można wykazanie istnienia różnych form hydrolazy acetylocholinowej w układzie nerwowym, kluczowego enzymu w procesach neurotransmisji, zbadanie udziału receptorów neuroprzekaźników w mechanizmach plastyczności układu nerwowego oraz zbadanie zmian neurochemicznych w plastyczności układu nerwowego.