1989 – Muzeum pozyskało Nowy Dom Ławy, budynek przylegający od strony wschodniej do Dworu Artusa. W ten sposób powstał Zespół Dworu Artusa, składający się z następujących budowli: parteru dwóch połączonych kamienic, zwanych Domem Ekonomistów lub Starym Domem Ławy, Dworu Artusa oraz Nowego Domu Ławy.

maj 1990 – Powołano Towarzystwo Domu Uphagena.

22 października 1991 – Zakończenie rekonstrukcji dachu na Wieży Więziennej Zespołu Przedbramia ul. Długiej i osadzenie na nim odtworzonej sygnaturki.

1993 – Władze miejskie przekazały muzeum pięć kamieniczek przy ul. Kramarskiej, przylegających od północy do Ratusza Głównego Miasta, o łącznej powierzchni 1360 m². Po przeprowadzeniu prac remontowo-adaptacyjnych przeznaczono je na pracownie merytoryczne, pomieszczenia biurowe i magazyny zbiorów.

1993–1998 – Przeprowadzona została rewaloryzacja Domu Uphagena, sfinansowana przez miasto Gdańsk i Fundację Współpracy Polsko-Niemieckiej, dzięki czemu zabytek został udostępniony do zwiedzania. Za rewaloryzację Domu Uphagena Muzeum otrzymało Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki za Najważniejsze Wydarzenie Muzealne Roku 1998.

1996 – Powstało Muzeum Zegarów Wieżowych jako Oddział MHMG. Zakon oo. Karmelitów w Gdańsku użyczył do tego celu wnętrze wieży swojego kościoła pod wezwaniem św.