W 1908 odkupiła od Stanisławy Gostomskiej dwuklasową szkołę żeńską przy ul. Nowostalowej 6 (obecnie odcinek ul. Stalowej między ul. Inżynierską i ul Konopacką) i przekształciła ją w czteroklasowe żeńskie progimnazjum. W 1915 wynajęła część kamienicy Jana Modzelewskiego przy ul. Konopackiej 4, do której przeniosła się szkoła. W latach 1915–1919 przy progimnazjum działała także dwuletnia Średnia Szkoła Zawodowa. Czesne w szkole Heleny Rzeszotarskiej było niższe niż w innych podobnych placówkach w Warszawie, oferowała ona także liczne ulgi i zwolnienia dla najuboższych ale zdolnych uczennic. Uczęszczały do niej nie tylko dziewczęta z Pragi, ale również okolicznych miejscowości, m.in. Strugi, Wołomina i Miłosnej. W 1923 otrzymała od Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego zezwolenie na prowadzenie pełnej szkoły średniej z prawem do przeprowadzenia matur.
W 1926 wstąpiła do zakonu franciszkanek misjonarek Maryi, uzyskując jednocześnie zgodę władz kościelnych na dalsze prowadzenie szkoły w Warszawie.