eskadry wywiadowczej i w grudniu 1920 roku objął jej dowództwo. Tę funkcję sprawował do lutego 1921 roku. 28 lutego tego roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu porucznika w wojskach lotniczych w grupie oficerów byłej armii austro-węgierskiej. thumb|left|160px|Józef Wojciechowski por. pilot-obs. (<1923).jpg thumb|Lotnicy 6. eskadry wywiadowczej – por. obs. Józef Wojciechowski, sierż. pil. Stefan Małaczyński, ppor. pil. Stanisław Pietruski, ppor. obs. Tomasz Turbiak Po zakończeniu działań wojennych pozostał w Wojsku Polskim. W sierpniu 1921 roku 5 eskadra wywiadowcza weszła w skład 2. pułku lotniczego w Krakowie, a Józef Wojciechowski objął jej dowództwo. 4 sierpnia 1923 roku wystartował w dorocznym Locie Okrężnym na trasie Warszawa – Lwów. W sierpniu 1925 roku wziął udział, pod dowództwem gen. Włodzimierza Zagórskiego, w drugim grupowym przelocie nad Alpami na dwudziestu sześciu nowo zakupionych samolotach Potez XV i Breguet XIX. Polscy piloci pokonali trasę z Paryża przez Włochy, Austrię i Czechosłowację do Polski. Następnie objął dowództwo eskadry szkolnej 2. pułku lotniczego. Od stycznia 1929 roku pełnił funkcję komendanta parku 2. pułku lotniczego. W 1930 roku objął dowództwo 61. eskadry liniowej. Pod jego dowództwem eskadra uczestniczyła w eksperymentalnych lotach nocnych.