Limanowa znów stała się siedzibą powiatu, a co za tym idzie bibliotece, na mocy porozumienia zawartego między Powiatem Limanowskim a Miastem Limanowa, powierzono realizowanie zadań Powiatowej Biblioteki Publicznej dla Powiatu Limanowskiego. Opieką merytoryczną objętych zostało 12 bibliotek gminnych, 25 filii oraz 7 punktów bibliotecznych. Od tego momentu Miejska Biblioteka Publiczna ma prawo używać nazwy Powiatowa Biblioteka Publiczna w Limanowej. Na mocy nowego Statutu nadanego przez Radę Miasta Limanowa od 2001 roku biblioteka funkcjonuje jako samorządowa instytucja kultury. Książnica przez kolejne lata starała się gromadzić nowe zbiory i przede wszystkim uzyskać pełną automatyzację zbiorów bibliotecznych. We wrześniu 2007 roku założony został Limanowski Klub Literacki jako nowa forma działalności biblioteki.
Kolejne lata to przede wszystkim rozwój biblioteki pod względem popularyzacji czytelnictwa. W 2011 roku dyrektor biblioteki Halina Matras odeszła na emeryturę, a jej funkcję przejęła Joanna Michalik.