John Webster Kirklin (ur. 5 sierpnia 1917 w Muncie, Indiana, zm. 21 kwietnia 2004 w Birmingham, Alabama) – amerykański chirurg, był jednym z twórców kardiochirurgii.
Życiorys John Kirklin był synem dyrektora radiologii w Mayo Clinic. Medycynę studiował na Uniwersytecie Minnesoty (bachelor 1938) i na Uniwersytecie Harvarda, który ukończył z wyróżnieniem magna cum laude w 1942, gdzie zauważono jego ponadprzeciętne zdolności. Początkowo rozpoczął specjalizację z chirurgii z ukierunkowaniem na neurochirurgię. W latach 1944–1946 pracował jako neurochirurg w amerykańskiej armii, dosłużył do stopnia kapitana. Po powrocie do Mayo Clinic kontynuował specjalizację, podczas której przez sześć miesięcy przebywa w Boston Children’s Hospital jako asystent u znanego kardiochirurga dziecięcego Roberta E. Grossa. W tym czasie zmienia swoje zainteresowanie z neurochirurgii na kardiochirurgię.