Podczas spotkań księży profesorów próbowano ustalić nazwę dla nowego pisma. W propozycjach nazwy większość zawierała słowa kościelny lub katolicki. Wybrano propozycję ks. Radziszewskiego: Ateneum KapłańskieAteneum Kapłańskie na przestrzeni lat czterdziestu, Józef Kruszyński, Ateneum Kapłańskie, t. 51, Włocławek 1949, s. 27..
Po wstępnych rozmowach należało przystąpić do organizacji wewnętrznej redakcji. Ks. Radziszewski, który stworzył cały projekt pisma, nie chciał podjąć kierownictwa. Na jednym z posiedzeń wybrano ks. prof. Rudolfa Filipskiego, a jego zastępcą ks. prof. Antoniego Szymańskiego. Na skutek trudności osobistych ks. Filipski zrezygnował z funkcji, którą przejął ks. Antoni Szymański. Pełnił tę rolę do wybuchu pierwszej wojny światowej. Podczas spotkania wybrano także wydawcę miesięcznika, którym miał być ks. Stanisław GruchalskiNa 50-lecie, Włodzimierz Jasiński, Ateneum Kapłańskie, t. 58, Włocławek 1959, s. 12..
Projekt okładki opracował ks. mgr Władysław Służałek, prefekt gimnazjum we Włocławku. Wykonał stylizację liter w tytule i narysował pieczęć, która była odbijana przez dziesiątki lat na każdym zeszycie Ateneum Kapłańskiego.