Bohaterzy narodowi – Miguel Hidalgo y Costilla i Mariano Matamoros w Querétaro zainicjowali w 1810 ruch niepodległościowy. Po dwóch latach walk powstańcy zostali pokonani, a region wrócił pod panowanie rojalistów. Mimo tego w rejonie nadal działały małe oddziałki rebelianckie. W 1821 Meksyk uzyskuje niepodległość a Querétaro staje się jedną z prowincji, w 1824 uzyskuje status stanu. Pierwsza konstytucja stanowa zostaje uchwalona w 1825.
Nieustanne walki o władzę i stan ciągłej wojny domowej sprawiają, że stan doświadcza politycznej i społecznej niestabilności. W latach 1863–1867 Querétaro pozostawało pod okupacją wojsk francuskich, które postanowiły wprowadzić w Meksyku cesarstwo. Cesarz Maksymilian I szukał schronienia na terenie stanu po tym jak Francuzi zostali pokonani przez siły liberałów pod dowództwem Benito Juareza. Maksymilian został jednak tutaj pojmany, a następnie stracony 19 czerwca 1867.
Przejęcie władzy przez Juareza wprowadziło upragniony spokój. Okres rozwoju gospodarczego i rozbudowy infrastruktury nastąpił za dyktatorskich rządów – Porfirio Diaza. W tym czasie na terenie stanu swoją działalność rozpoczęło kilka kościołów protestanckich (głównie metodyści).