W 1536 Guzmán zostaje zastąpiony przez Diego Péreza de la Torre, który zostaje zabity w 1538 podczas jednej z potyczek z Indianami. Następny gubernator przeniósł stolicę Nayarit do jednej z dolin w pobliżu Tepic. Przez cały ten okres Indianie występowali zbrojnie przeciwko najeźdźcom. Jednym z najsłynniejszych takich zrywów było powstanie, na którego czele stanął Tenamaxtli w 1548 roku. W XVI i XVII w. franciszkanie prowadzili intensywną akcję ewangelizacyjną, która napotykała jednak na duże trudności ze względu na wrogość indiańskiego plemienia Cora. W 1722 Hiszpanom udało się pokonać indiańskich powstańców, ukrywających się w górach Nayar. XVIII w. to okres pomyślnego rozwoju Nayarit, co wiązało się głównie z korzystnym położeniem na drodze handlowej do Kalifornii.
Po rozpoczęciu walk niepodległościowych (rok 1810) większość regionu została opanowana przez miejscowego księdza i przywódcę – José Maríę Mercado. Jednakże rok później wojska kolonialne odzyskały Nayarit, a po kilku latach powstańcy zostali całkowicie pokonani przez rojalistów.