Życie prywatne Pozostawała przez dwa lata w nieformalnym związku z aktorem Robertem Rozmusem. Była zaręczona z Tadeuszem Głażewskim. W 2009 związała się z przedsiębiorcą Olą Serneke (ur. w 1969), właścicielem firmy „Bygg & Konsult AB”, którego majątek w 2008 wyliczono na 165 mln koron szwedzkich. Ich ślub odbył się 24 lipca 2010 w katedrze św. Marcina i Mikołaja w Bydgoszczy. Mają dwie córki, Emmę (ur. 13 maja 2011) i Stellę (ur. wrzesień 2013). Rozwiedli się w 2018Joanna Liszowska rozwiodła się... rok temu. Wydała oświadczenie: oto naga prawda.
Według doniesień mediów, 1 września 2014 spowodowała wypadek samochodowy, prowadząc samochód marki Porsche, będąc w stanie upojenia alkoholowego. Do zdarzenia doszło na obrzeżach Warszawy, na ul. Puławskiej, około godz. 10. 31 października 2014 została skazana przez warszawski sąd na pięć miesięcy bezpłatnych prac społecznych, dwuletni zakaz prowadzenia pojazdów i 7 tys. zł grzywny.