Z uwagi na swe korzystne położenie geograficzne (pomiędzy Zacatecas i Jalisco) Aguascalientes stało się ważnym ośrodkiem handlowym.

W 1767 wraz z kasatą zakonu jezuitów rozpoczął się okres powolnego upadku gospodarczego, ponieważ zakonnicy byli największymi posiadaczami ziemskimi. W latach 80. XVIII w. pojawia się klęska głodu, która prowadzi do zmniejszenia się populacji i pogłębienia kryzysu gospodarczego. Przed uzyskaniem przez Meksyk niepodległości zainicjowane zostały roboty publiczne, wsparte przez Kościół, które poprawiają sytuację ekonomiczną mieszkańców. 9 września 1821 lokalni przywódcy powstańczy aresztują władze lojalne wobec króla hiszpańskiego i dołączają do ogólnonarodowego zrywu niepodległościowego. W 1821 po uzyskaniu niezależności przez Meksyk Aguascalientes staje się częścią stanu Zacatecas. Następne lata przynoszą regionowi okres niestabilności politycznej i chaosu, spowodowanej ciągłymi walkami o władzę pomiędzy konserwatystami i liberałami.