Przebieg wypadku O godz. 12:25 podczas przejazdu bez zatrzymania przez stację Reptowo pociągu pospiesznego nr 83102 „Barbakan”, w momencie przejazdu szóstego od czoła pociągu wagonu osobowego nastąpiła zmiana położenia zwrotnicy rozjazdu, po którym następował przejazd tego pociągu. W następstwie zmiany położenia zwrotnicy, przy prędkości pociągu wynoszącej około 116 km/h, doszło do gwałtownej jazdy dwutorowej pociągu „Barbakan”, jego wykolejenia i rozerwania sprzęgów śrubowych pomiędzy wagonem szóstym i siódmym.
Rozerwanie pociągu spowodowało natychmiastowy spadek ciśnienia w przewodzie głównym pociągu i hamowanie nagłe. Dynamika wykolejenia i wysoka prędkość, przy jakiej do niego doszło spowodowała, iż oderwana część pociągu (wagony od siódmego do jedenastego) wjechała na tor główny dodatkowy nr 4, który był zajęty przez pociąg towarowy nr 84368. Nastąpiło najechanie wagonów pociągu „Barbakan” na ostatnie wagony pociągu towarowego.