W latach 1929–1932 przyszły pisarz uczęszczał do szkół John Burroughs School w St. Louis i The Los Alamos Ranch School w Nowym Meksyku. Prowadził wówczas pamiętniki, w których ujawniała się już jego biseksualna orientacjaglbtq – Burroughs, William S. (1914-1997), dostęp 2009-09-13 .. Ze szkoły w Los Alamos został według powszechnej historii wyrzucony za przyjmowanie wodzianu chloralu, jednak według własnej relacji opuścił ją dobrowolnieGrauerholz, James; Silverberg, Ira; Douglas, Ann, wyd. (2000). Word Virus: The William S. Burroughs Reader. Nowy Jork: Grove Press. p. 21. .. Burroughs ukończył szkołę średnią w Taylor School w Clayton w stanie Missouri. W 1932 zdał na Uniwersytet Harvarda, na którym studiował literaturę amerykańską do 1936. Pomimo studiowania literatury amerykańskiej, zaczytywał się w twórczości francuskich poetów, szczególnie Rimbauda i Verlaine’a. W tym okresie zapoznał się z kulturą gejowską Nowego Jorku. Wraz ze swoim bogatym przyjacielem, Richardem Sternem, często odwiedzali razem kluby gejowskie w dzielnicach Harlem i Greenwich Village.