Po aresztowaniu ojca w końcu 1942 wyjechał do Warszawy.
Brał udział w powstaniu warszawskim, po jego upadku został uwięziony w stalagu. Pracował w kamieniołomach w górach Harzu. Po wojnie wrócił do Polski. W 1946 został kierownikiem Teatru Kameralnego Domu Żołnierza w Łodzi (teatr ten po przeniesieniu do Warszawy w 1949 przemianowano na Teatr Współczesny). Kierował nim do 1981. W latach 1954–1957 był dyrektorem połączonych scen Teatru Współczesnego i Narodowego.
Od 1962 reżyserował regularnie za granicą – w Niemczech, Szwajcarii, Związku Radzieckim, Stanach Zjednoczonych i Holandii, zaś od 1972 był stałym reżyserem-gościem wiedeńskiego Burgtheater.
W latach 1949–1979, z małymi przerwami, wykładał na Wydziale Reżyserii w warszawskiej PWST. Napisał liczne eseje o teatrze oraz krótkie formy literackie, porównywane do prozy Antona Czechowa. Zostały one opublikowane w miesięcznikach „Dialog” i „Teatr” oraz w książkach: Listy ze sceny (1955, 1957), Sprawy teatralne (1966), Ćwiczenia pamięci (1984, 1991, 1998), Kłopoty młodości, kłopoty starości (2006), Z pamięci (2007).
W Seksmisji, filmie Juliusza Machulskiego, Wiesław Michnikowski zadedykował graną przez siebie rolę „Jej Ekscelencji” właśnie jemu. Należał do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.