Niebawem Skokowski został szefem sztabu i zastępcą komendanta PAL.
29 lipca 1944 roku na murach Warszawy została rozwieszona kłamliwa odezwa jego autorstwa, głosząca, że – wobec opuszczenia miasta przez najwyższe czynniki Armii Krajowej – sygnatariusz tej odezwy obejmuje dowództwo nad wszystkimi oddziałami podziemnymi i zarządza ich mobilizację do walki z Niemcami; Skokowski podpisał się na niej jako generał dywizji. Przeszła ona bez żadnego echa. W czasie powstania warszawskiego przebywał w Śródmieściu, gdzie objął dowodzenie nad oddziałami PAL. 15 września wydał rozkaz o utworzeniu Połączonych Sił Zbrojnych Armii Ludowej, PAL i Korpusu Bezpieczeństwa, których został dowódcą oraz podporządkowaniu ich Krajowej Radzie Narodowej.
Po upadku powstania wyszedł z miasta wraz z ludnością cywilną. Wydostał się z obozu przejściowego w Pruszkowie dzięki pomocy AL i członków PPR. W styczniu 1945 został przyjęty do ludowego Wojska Polskiego i awansowany został do stopnia generała brygady. Otrzymał stanowisko dowódcy Okręgu Wojskowego Nr V w Krakowie, które pełnił do października 1945, kiedy przeszedł w stan spoczynku. W 1948 został aresztowany. Wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie został skazany na karę 15 lat pozbawienia wolności. Zwolniony w 1955, prawnie zrehabilitowany został w 1957.