Miał wówczas okazję, by udowodnić swoją lojalność, broniąc tronu Bawarii przed zakusami księcia Konrada, hrabiów z Scheyern oraz swojego własnego wuja, biskupa Gebharda z Ratyzbony.
Po śmierci Leona IX (19 kwietnia 1054) na dwór w Moguncji przybył we wrześniu 1054 roku, na czele rzymskiej legacji, kardynał Hildebrand. Posłowie prosili cesarza, by desygnował Gebharda na papieża. Henryk wyraził zgodę, lecz Gebhard odmówił przyjęcia godności. W marcu 1055 roku Gebhard uzależnił swą zgodę od zwrócenia Stolicy Apostolskiej wszystkich odebranych jej dóbr. 13 kwietnia 1055 roku Gebhard został formalnie obrany papieżem i przyjął imię Wiktor II.
Jako papież kontynuował walkę swojego poprzednika z symonią i konkubinatem wśród duchownych. Cieszył się poparciem cesarza, dlatego też uzyskał o wiele więcej, niż udało to się Leonowi IX. 4 czerwca 1055 roku Wiktor II zwołał synod we Florencji, w którym uczestniczył sam cesarz oraz 120 biskupów. Synod potwierdził dawne dekrety przeciwko symonii, a nieprzestrzegający ich biskupi zostali usunięci ze stanowisk. Wiktor wysłał również list do króla Leónu (w Hiszpanii), Ferdynanda I, w którym groził mu ekskomuniką, jeśli ten nie uzna praw Henryka do cesarskiego tronu.