Wśród języków Indonezji są zarówno języki szeroko używane (np. jawajskim posługuje się 50–70 mln ludzi), jak i języki małych miejscowych społeczności. Wiele z nich liczy mniej niż 5 tys. użytkowników. Języki te są w różnym stopniu zagrożone wymarciem. Znajdują się pod naporem nie tylko języka narodowego, ale także języków dominujących lokalnie (języków innych grup etnicznych, różnych odmian malajskiego). Jednocześnie szacuje się, że nowoczesnej dokumentacji lingwistycznej poddano mniej niż 10% języków kraju. W szczególności ograniczone są dane nt. języków Moluków (prowincji Moluki i Moluki Północne), wschodnich Małych Wysp Sundajskich i indonezyjskiej Nowej Gwinei.
Ludność pochodzenia obcego w Indonezji niekiedy pielęgnuje znajomość swoich języków (np. niderlandzkiego, japońskiego, portugalskiego, tamilskiego czy języków chińskich). Języki te, o charakterze mniejszościowym, w dużej mierze wyszły z użycia. Mandaryński spełnia rolę lingua franca dla rozproszonych skupisk ludności chińskiej. Wśród ludności chińskiej, która uległa silnej asymilacji, występuje szerokie użycie języka indonezyjskiego (a czasem i języków regionalnych, m.in.