Był dwukrotnie żonaty. Pierwsza żona, Zoë z domu Gross, popełniła samobójstwo w Bystrej w 1910 rokuWspomnienie pośmiertne. Kurjer Warszawski nr 27 (27.1.1910) s. 3Samobójstwo. Nowa Gazeta nr 43 (27.1.1910) s. 4Zoe Jekelsowa. Kurjer Lwowski nr 54 (3.2.1910) s. 4. Z tego małżeństwa urodziło się dwóch synów, Alfred i Stefan. W 1920 roku ożenił się po raz drugi z Karoliną Engel (1891–1962). Mieli córkę Margaret, zamężną z psychiatrą Emerym Wellsem z Nowego Jorku.
Spuścizna Jekelsa stanowi część kolekcji Sigmunda Freuda przechowywanej w Bibliotece KongresuLudwig Jekels papers.
Lista prac Teorya Freuda o histeryi i jego metoda psychoanalizy. Medycyna i Kronika Lekarska 44 (52), ss. 1268–1272, 1909 „Leczenie psychonewroz zapomocą metody psychoanalitycznej Freud′a, tudzież kazuistyka”. W: Ciągliński A (red). Prace 1-go Zjazdu neurologów, psychiatrów i psychologów polskich odbytego w Warszawie 11–12–13 października 1909 r. Warszawa: E. Wende i sp., 1910 ss. 613–623 „O czynniku decydującym w stosunku pacyenta do lekarza” W: Księga pamiątkowa XI Zjazdu Lekarzy i Przyrodników Polskich w Krakowie 18–22 lipca 1911. Kraków: Komitet Gospodarczy, 1913 ss. 515–516. Einige Bemerkungen zur Trieblehre. Internationale Zeitschrift für Psychoanalyse 1, ss. 439–443, 1913 Analerotik. Internationale Zeitschrift für Psychoanalyse 1, s.