Wkrótce potem arcybiskup Paryża zakazał mu kontynuowania działalności, a w końcu suspensował. Dalsze straty przyniosła wojna francusko-pruska w 1870. Następnie z kurii papieża Piusa IX nadszedł dekret potępiający wykorzystywanie intencji mszalnych do zakupu książek, z czego szczególnie znany był Migne.
Umarł, nie powracając już do minionego powodzenia, a jego wydawnictwo przeszło w 1876 w ręce braci Garnier.
Patrologia Prowadził szeroko zakrojoną działalność wydawniczą, wśród której szczególne znaczenie teologiczne ma jego wydanie pism łacińskich i greckich Ojców Kościoła: Patrologia Latina (PL), zbiór pism od Tertuliana do Innocentego III wydawany w latach 1844–45 i obejmujący 221 tomów, oraz Patrologia Graeca (PG), najpierw wydana tylko po łacinie (85 tomów do 1856), a następnie tekst oryginalny wraz z łacińskim tłumaczeniem od Barnaby do Soboru Florenckiego w 165 tomach wydanych w latach 1857–58. Trudno przecenić znaczenie tych serii w dziele popularyzacji pism Ojców Kościoła, ich systematyzacji i zebrania w jednej kolekcji, taniej i względnie dostępnej dla indywidualnych duchownych oraz seminariów duchownych.