W latach 2003–2014 pracowała jako adiunktka w Zakładzie Historii Sztuki Nowoczesnej w Katedrze Historii Sztuki i Kultury UMK w Toruniu, od 2014 jest profesorką w Katedrze Historii Sztuki i Filozofii Wydziału Edukacji Artystycznej i Kuratorstwa na Uniwersytecie Artystycznym w Poznaniu, a od 1 października 2016 jest kierowniczką tejże Katedry.
Jest trzykrotną stypendystką Fundacja na rzecz Nauki Polskiej – dwa razy w Program Start. Stypendia dla Młodych Uczonych (edycja 2005 i 2006), raz w Program Kwerenda (edycja 2008). Jest stypendystką DAAD na Uniwersytecie Humboldta w Berlinie (2012); laureatką fellowship w Graduiertenschule für Ost- und Südosteuropastudien an der Ludwig-Maximilians-Universität w Monachium (2014); laureatką fellowship Stiftung Hans Arp w Berlinie (2015); stypendystką DAAD na Uniwersytecie Ludwika Maksymiliana w Monachium oraz w Centralnym Instytucie Historii Sztuki w Monachium (2018). Jest członkinią Stowarzyszenia Historyków Sztuki i Międzynarodowego Stowarzyszenia Krytyków Sztuki.
Marta Smolińska jest kuratorką wystaw sztuki współczesnej, autorką publikacji z historii sztuki, a także tekstów krytycznych (m.in. na łamach „artluka”, „Arteonu”, „Exit”, „O.pl”).