Zarazem jednak zagwarantowano im egzempcję spod jurysdykcji inkwizycji na okres 40 lat.
W tym samym czasie (1499/1500) podjęto pierwszą próbę zorganizowania w Grenadzie trybunału inkwizycyjnego, ale wówczas plany te nie zostały zrealizowane. W 1500 terytorium dawnego emiratu Grenady podporządkowano trybunałowi z Jerez de la Frontera, następnie (1502) przeszło pod jurysdykcję trybunału z Jaen, ale krótko potem (ok. 1503) znalazło się pod władzą trybunału z Kordoby. W 1506 inkwizytor Kordoby Diego Rodriguez Lucero oskarżył o kryptojudaizm arcybiskupa Grenady Hernando Talaverę. W obronie arcybiskupa stanęli jednak król Ferdynand oraz papież Juliusz II, a cała ta sprawa doprowadziła do dymisji inkwizytora generalnego Diego Dezy (1507). Sam Lucero wkrótce też został zdymisjonowany i aresztowany za liczne nadużycia, choć ostatecznie potraktowano go łagodnie.
Trybunał inkwizycyjny w Grenadzie został ostatecznie utworzony w 1526 po rozwiązaniu trybunału z Jaen. Dotychczasowi inkwizytorzy Jaen otrzymali zadanie zorganizowania trybunału w Grenadzie. Pierwsza ceremonia auto da fe odbyła się w 1529.