karmatów, którzy w 930 roku splądrowali świątynię Al-Kaabę i zabrali do Bahrajnu Czarny Kamień (kamień ten pozostawał w ich rękach do 950 roku). W XII w. Bahrajn znalazł się w strefie wpływów Kajsarytów z wyspy Kajs, a następnie Persów. W 1235 roku archipelag i Al-Katif zostały zajęte przez wojska władcy Farsu, jednak już w 1253 roku odzyskały niezależność. Do 1521 roku Bahrajn znajdował się pod panowaniem władców muzułmańskich, następnie obecny Bahrajn został opanowany przez Portugalczyków. W 1602 roku Portugalczycy zostali wyparci z Bahrajnu przez perskiego szacha Abbasa I, który powierzył rządzenie Bahrajnem plemionom arabskim z wybrzeża perskiego.
W 1783 roku Bahrajn został zdobyty przez ród Al Chalifa (z plemienia Al-Utub z Półwyspu Arabskiego), który do dziś jest rodem panującym. Od początku XIX wieku umacniały się wpływy Wielkiej Brytanii (kolonializm). W 1820 roku zawarto układ pokojowy o ochronie i handlu morskim (Bahrajn był jednym z ośrodków piractwa i handlu niewolnikami tzw. Wybrzeża Piratów). W XIX wieku Bahrajn znajdował się pod kontrolą Korony Brytyjskiej, a pretensje wobec wyspy rościł sobie także Iran.