W 1846 jej rysunki zostały dostrzeżone przez artystę i nauczyciela Carla Gustafa Qvarnströma (1810–1867), który był pod tak wielkim wrażeniem jej prac, że dzięki jego znajomościom, jako jedna z czterech kobiet, została przyjęta na studia w Szwedzkiej Królewskiej Akademii Sztuki w 1849. W 1850 została pierwszą studentką tej uczelni, która otrzymała stypendium, dzięki czemu mogła wyjechać na studia do Paryża. Tam została uczennicą Léona Cognieta, a następnie Ange Tissier. W 1854 studiowała w Starej Pinakotece, galerii sztuki w Monachium, w latach 1854–1855 w Rzymie, a następnie w 1856 uczestniczyła w wystawie światowej w Paryżu, po czym wróciła do Szwecji w 1856. Ponownie odwiedziła Paryż w 1859.
Spotkała tam wiele znanych osobistości kultury tamtych czasów, między innymi Fredrikę Bremer, Olofa Enerotha, Wendelę Hebbe i Sophie Adlersparre. Została opisana jako cicha, skromna i introwertyczna osoba, która nigdy nie wyszła za mąż, nie miała kochanków ani nie rozmawiała wiele przy okazji spotkań towarzyskich.
Zmarła w Sztokholmie. Przyczyną jej śmierci było zapalenie płuc.
Twórczość Amalia Lindegren była związana ze szkołą malarstwa w Düsseldorfie. Malowała głównie portrety inspirowane twórczością Adolpha Tidemanda, Hansa Gudego i Pera Nordenberga oraz malarzy niemieckich.