W XVII wieku kościół został przebudowany, zyskując obecny wygląd.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1807 roku przeniosły się tu zakonnice z pobliskiego klasztoru Santa Caterina. Na mocy dekretu z 25 kwietnia 1809 roku wspólnota augustiańska została 12 maja następnego roku zniesiona. Klasztor Sant’Alvise stał się schroniskiem dla porzuconych dziewcząt, a kościół przekształcono w kościół parafialny. W 1847 roku, po zburzeniu klasztoru Santa Lucia w związku z budową stacji kolejowej, klasztor Sant’Alvise został przekazany kanosjankom, które nadal w nim mieszkają zajmując się opieką i edukacją biednych i opuszczonych dziewcząt. Tutaj również założyły szkołę specjalną dla głuchoniemych, trzecią tego rodzaju we Włoszech. W tym klasztorze, w 1893 roku rozpoczęła nowicjat i mieszkała przez kilka lat św. Józefina Bakhita.
W latach 1989–1991 kościół został odrestaurowany.