Jako nastolatka uczęszczała do liceum Patrick Henry High School w San Diego. Nauczyciele opisywali ją później jako introwertyczkę, nie wykazującą zainteresowania nauką. Często miała problemy z powodu wagarowania i nieodrabiania lekcji. Z tego powodu w 1978 została skierowana do placówki dla problematycznych uczniów. Rodzice Brendy zostali wtedy poinformowani, że ich córka ma myśli samobójcze. Opiekujący się nią ojciec przyznał później, że zignorował ostrzeżenia, ponieważ nie rozumiał jak można stwierdzić u kogoś myśli samobójcze.
Ojciec nauczył ją strzelać z wiatrówki do puszek i ptaków. Wkrótce Brenda Ann Spencer zaczęła zdobywać medale w konkursach strzeleckich. Zaczęła też okazywać wrogość policjantom, grożąc im, że kiedyś chciałaby któregoś z nich zastrzelić.
Latem 1978 razem ze znajomymi ostrzelała szkołę podstawową w San Diego. Oblali też mury placówki farbą i poprzewracali ławki w klasach. W grudniu kurator sądowy skierował Brendę Ann Spencer na badanie psychiatryczne. Lekarze orzekli, że musi trafić do szpitala psychiatrycznego z powodu zaburzeń depresyjnych. Jej ojciec nie wyraził na to zgody i w tym samym roku z okazji Bożego Narodzenia podarował jej karabinek półautomatyczny Ruger 10/22 z celownikiem optycznym i pięciuset nabojami.