Odnotowała czwarte rundy trzech imprez wielkoszlemowych (w czwartej, US Open, nie wystąpiła; przyczyną była kontuzja prawej stopy, której nabawiła się w Kanadzie). Jednocześnie zakończyła rok jako najlepsza deblistka świata.
Po serii półfinałów, w październiku 2000 otrzymała kolejną szansę na zdobycie singlowego tytułu WTA. Zagrała w finale w Moskwie, ale na jej drodze do pucharu ponownie stanęła Hingis. Szwajcarka wyeliminowała też Kurnikową w półfinale mistrzostw WTA, choć i tak był to najlepszy jak dotąd występ Rosjanki w tej imprezie. W grze podwójnej Hingis i Kurnikowa zdobyły główne trofeum.
Kontuzja lewej stopy znacznie zredukowała kalendarz startów Anny w roku 2001. W styczniu osiągnęła ćwierćfinał Australian Open i półfinał w Tokio (obydwa mecze przegrała z Davenport). Po wielomiesięcznej przerwie dopiero w październiku w Luksemburg udało się jej wygrać mecz, doszła do ćwierćfinału pokonana przez Kim Clijsters. W styczniu 2002 doszła do jednej drugiej finału w Auckland, ale z kretesem przegrała w spotkaniu otwarcia w Melbourne z Justine Henin. Była w najlepszej czwórce w Tokio, Acapulco i San Diego.