Walther PPQ nie jest całkowicie nowym projektem. Swoją konstrukcję i cechy dzieli z wariantem pistoletu P99QA Walther P99, który został wprowadzony w 2000 r. W przeciwieństwie do P99QA, który wykorzystywał częściowo ryglowaną sprężynę uderzeniową (jak Glock), PPQ wykorzystuje w pełni ryglowaną sprężynę uderzeniową. W projekcie wprowadzono wiele innych modyfikacji, które nie były widoczne w pistolecie Walther P99QA, jak np. przeprojektowany uchwyt, osłona spustu i zamek, a które pojawiły się dopiero w Walther P99 RAD, czyli wersji P99 wykonywanej w Polsce i sprzedawanej jako wojskowa propozycja broni bocznej oraz pistolet dla policji Walther P99Q.
Ze względu na ewolucję produktu Walthera P99 – model PPQ zachowuje zgodność zarówno z celownikami P99, jak i P99 drugiej generacji oraz innymi akcesoriami.
Główną innowacją PPQ w stosunku do P99QA, P99 RAD i P99Q jest jego spust „Quick Defense”.