Historia W roku 1236 lub 1237 książę Henryk Pobożny sprowadził franciszkanów z Pragi. Kościół został rozbudowany około 1269 rokuT. Węcławowicz, Małopolska i Ziemie Ruskie Korony [w:] Architektura gotycka i w Polsce, pod red. T. Mroczko i M. Arszyńskiego, t. 2, Warszawa 1995, s. 65, a następnie w 1279 roku został w nim pochowany książę Bolesław V Wstydliwy wraz z siostrą bł. Salomeą. Zostali tu też pochowani synowie Władysława Łokietka, Stefan i Władysław.
Wygląd pierwotnego kościoła jest przedmiotem dyskusji. Nie jest wykluczone, że pierwotny kościół był zbudowany na planie krzyża greckiego (równoramiennego) z wieżą na przecięciu naw lub w narożu szczytu nawy północnej i zachodniego ramienia części krzyżowej. Budulcem była cegła (z dodatkiem kamiennych detali). Ok. 1260–1270 dobudowano do niego zakrystię. W 1269 roku kościół konsekrowano pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu. Inicjatorem i głównym inwestorem przebudowy kościoła franciszkanów w Krakowie w końcu lat sześćdziesiątych XIII wieku był książę krakowsko-sandomierski Bolesław WstydliwyStanisław Pasiciel, KOŚCIÓŁ FRANCISZKAŃSKI W KRAKOWIE W XIII WIEKU, Rocznik Krakowski, t. LXVHI, 2002, ISSN 0080-3499 , s.34.