Po usunięciu podpór spod łuków sklepienia nawy głównej, rano, 12 kwietnia 1855 roku część sklepienia i murów runęła, uszkadzając sąsiedni dom. Ta katastrofa budowlana poruszyła krakowską opinię publiczną. Krytykowano zwłaszcza politykę oszczędnościową przy doborze materiałów. W celu zapewnienia odpowiedniej kontroli powołano w roku 1856 specjalny komitet konserwatorski. Po zebraniu niezbędnych funduszy i uprzątnięciu gruzu, dopiero w 1858 roku przystąpiono do kładzenia nowych fundamentów pod filary. W trzy lata później przykryto dachem nawy boczne, a w roku 1863 – nawę główną. Podstawowe prace przy odbudowie zakończono w roku 1872. W ich wyniku wygląd świątyni uległ znacznym zmianom, co spotkało się z krytyką środowisk artystycznych. Szczególnie stanowczo wystąpił m.in. rzeźbiarz Edward Stehlik. Później z licznymi atakami spotkała się też działalność przeora o. Mariana Pavoniego, architekta-amatora, który dokonał aranżacji wnętrza i zewnętrza w duchu neogotykuM.Ż.K.(Marek Żukow-Karczewski), Całe miasto mówiło... O odbudowie, „Echo Krakowa”, 8 III 1994 r., nr 47 (14119).. W tym czasie powstał obecny ołtarz główny, stalle oraz konfesjonały.