Umieralność pacjentów pod zarządem niemieckim Prowadzone przez kapelana szpitalnego katolickie księgi zmarłych (odnotowywano tutaj tylko zgony chrześcijan) wykazały, że w okresie od 1 września do 31 grudnia 1939 zmarło 75 pacjentów. W 1940 roku 392 osoby, w 1941 roku 355 osób, a od 1 stycznia do 17 czerwca 1942 roku 135 osób. Na podstawie ocalałych akt administracyjnych zakładu można ustalić, że w 1940 roku zmarło 109 Żydów.
Wiosna 1942 Przygotowania do likwidacji zakładu ruszyły wiosną 1942. W okresie miesiąca przed likwidacją kobierzyński zakład wizytowało wielu wyższych oficerów SS. Kroll przyjmował ich w swoim urzędowym gabinecie lub w mieszkaniu zlokalizowanym na terenie szpitala. Krolla odwiedzili: Dowódca SS i Policji w Krakowie SS-Oberführer , SS-Standartenführer Max Hammer (który, prawdopodobnie kierował akcją z 23 czerwca 1942), SS-Sturmbannführer Karl Meyer, SS-Hauptsturmführer Krüger, Wyższy Dowódca SS i Policji w Generalnym Gubernatorstwie SS-Obergruppenführer Friedrich Wilhelm Krüger oraz SS-Hauptsführer dr Werner Beck, szef Zakładu Medycyny Sądowej w Krakowie.