Ołtarze boczne w prawej nawie poświęcone są św. Andrzejowi Apostołowi i św. Józefowi. Tonda na ścianach tej nawy przedstawiają wydarzenia z życia Jezusa: zwiastowanie, narodzenie, ofiarowanie, pokłon trzech króli. Z kolei tonda na ścianach lewej nawy przedstawiają odpowiadające wydarzenia z życia Maryi: zapowiedź narodzenia Maryi św. Annie i Joachimowi, narodziny Maryi, prezentację Maryi w świątyni, zaślubiny Maryi ze św. Józefem. W ołtarzach lewej nawy znajdują się obrazy: Pietri Matka Boża z Dzieciątkiem i świętymi Antonim Padewskim, Wawrzyńcem, Praksedą i Wenancjuszem oraz Pier Leone Ghezzi Św. Paweł chrzczący św. Sabinę z synami.
Kaplice boczne Kaplica krucyfiksu
Kaplica krucyfiksu znajduje się na końcu prawej nawy bocznej. Ołtarz w niej jest drewniany z XVII lub XVIII wieku. Na ołtarzu znajduje się polichromowane marmurowe tabernakulum w kształcie okrągłej świątyni.
Kaplica św. Cyriaka
Kaplica na końcu lewej nawy bocznej zawiera relikwie św. Cyriaka z Ostii (biskupa i męczennika z III wieku) pochodzące z kościoła pod wezwaniem tego świętego.
Podziemia bazyliki Podziemna część bazyliki od dawnych czasów była uznawana za dom, w którym św. Paweł spędził dwa lata w areszcie domowym oczekując na proces. W domu tym jakoby również mieli gościć św. Piotr oraz św.