Na zachód od bazyliki, na obecnym wschodnim krańcu Piazza del Collegio Romano, znajdował się średniowieczny klasztor benedyktyński San Ciriaco de Camilliano (znany również jako Santi Ciriaco e Niccolò) założony w X wieku, a od XIII wieku zamieszkany przez zakonnice. Kościół św. Cyriaka był jednym z wielkopostnych kościołów stacyjnych. W związku ze złym prowadzeniem się mniszek klasztor został zlikwidowany, dekretem papieża Eugeniusza IV z 1435 roku kościół św. Cyriaka zamknięto, natomiast stacja wielkopostna i relikwie św. Cyriaka zostały przeniesione do bazyliki Santa Maria in Via Lata.

W latach 1491–1506 miała miejsce przebudowa bazyliki. Została zmieniona wówczas jej orientacja, fasada wejściowa znalazła się w miejscu wcześniejszej apsydy, powiększył się również obszar zajęty przez świątynię. W 1580 roku dobudowano dzwonnicę zaprojektowaną przez Martino Longhi il Vecchio. W 1594 roku Agostino Gasoli odnowił kryptę.

Kolejną przebudowę zlecił papież Aleksander VII w 1639 roku. Prace nadzorowane przez architekta Cosimo Fanzago zakończyły się nad konstrukcją w 1647, a we wnętrzu w 1650 roku.